La presenza dei frati minori a Lonigo è provata dal testamento di tale "Bonvisino" da Sarego stipulato il 16 settembre 1243 con il quale stabilisce di vendere tutto il territorio di suo possesso a Bagnolo e, con il ricavato comprare a Lonigo... tanto terreno perché vi fosse edificato "domus et ecclesia" casa e chiesa per raccogliere i frati minori. Dieci anni dopo (7 dicembre 1253) Zilio Teco di Offenduccio di Marostica, stende un testamento a beneficio dei frati minori di Lonigo. Nel 1403 sul posto di una piccolissima chiesa dedicata a San Daniele viene costruita una nuova chiesa di San Daniele. Verrà consacrata il 22 ottobre 1480. È del 1447 una bolla di Papa Nicolò V che autorizza e caldeggia l'edificazione di una casa per i frati minori a Lonigo. Nel 1719 la Chiesa subisce un primo restauro e nel 1795 il convento viene dichiarato "sacro ritiro". Nel 1806 sopravvive ad una prima soppressione decretata dal governo napoleonico, per l'intervento di autorità religiose e civili del territorio. Nel 1810 Napoleone decreta la soppressione di tutti i conventi e la confisca dei loro beni. Anche San Daniele subisce la dolorosa e triste sorte. Il convento viene quasi demolito. La Chiesa è in balia di interessati acquirenti. Trafugamento di opere d'arte, distruzione di biblioteca, devastazione e di archivi, altari venduti ecc..

Nel 1891 la provincia veneta dei frati minori acquista, dalle sorelle Biasin, divenute proprietarie di tutto il complesso, la Chiesa (ridotta a deposito di attrezzi agricoli e di materiali di ogni genere), il convento ridotto a pochi desolati i ruderi e gli orti adiacenti; il tutto per lire 10.000.

Incominciano subito i lavori di restauro della chiesa e successivamente, della ricostruzione della convento. Nel 1916 il convento accoglie i primi aspiranti all'ordine dei frati minori. Parte del convento viene adibito per la formazione dei ragazzi. Successivamente nel 1925 verranno trasferiti nel nuovo "collegio serafico" costruito accanto al convento. Negli anni 1950-56 il collegio serafico viene ampliato con l'aggiunta di nuovi ambienti anche per rispondere alle nuove necessità e per dare ai giovani una formazione più aderente alle esigenze dei tempi. Attualmente il convento e riservato per l'abitazione e lo studio dei frati addetti al servizio della Chiesa-santuario. Parte dei fabbricati fu poi adibita a scuola media paritaria "Angelico Melotto”. Attualmente la presenza della Scuola professionale di Ristorazione Dieffe rende il luogo un ulteriore motivo di prestigio.